21 июля Объединенный комитет начальников штабов принял решение, что следующий десант будет в Италии, в Салерно, южнее Неаполя, тогда как 8‑я армия Монтгомери должна была форсировать Мессинский пролив. К началу сентября было завершено сосредоточение войск и судов. Адмиралтейство беспокоило, хватит ли у Каннингхэма сил, чтобы обеспечить войска у Салерно. 1 сентября адмирал назначил днем высадки 9‑е сентября, а 3 сентября, не встречая сопротивления, армия Монтгомери форсировала Мессинский пролив и начала продвижение к Неаполю. К 9 сентября в Тирренское море вошли соединения прикрытия и поддержки. Накануне было объявлено о подписании перемирия с Италией. Каннингхэм приказал кораблям итальянского флота направиться из Специи на юг по определенному маршруту. 9 сентября 3 линкора, 6 крейсеров и эсминцы выступили, но задержка адмирала Бергамини позволила германской авиации атаковать и потопить управляемыми бомбами линкор «Рома». Остальные суда встретили и проводили на Мальту корабли, посланные Каннингхэмом. Туда же отконвоировали и флот из Таранто. Адмирал докладывал адмиралтейству: «Счастлив уведомить Их лордства, что итальянский линейный флот теперь стоит под прицелом орудий крепости Мальта». Посланные Каннингхэмом корабли заняли Таранто, затем Бриндизи и другие порты, необходимые для снабжения войск в Италии и действий на коммуникациях.

Высадка 9 сентября у Салерно прошла успешно, но далее войска встретили упорное сопротивление. По запросу адмирала Хьюитта Каннингхэм направил с Мальты линейные корабли, которые огнем помогали расширить плацдарм американским войскам. Благодаря артобстрелу попытка германского контрудара была сорвана. 16 сентября войска Монтгомери установили связь с десантом. 1 октября союзники заняли Неаполь, который начали расчищать, чтобы сделать базой снабжения.

Когда с первым морским лордом Дадли Паундом на конференции в Квебеке в августе случился апоплексический удар, встал вопрос о его замене. Черчилль не хотел назначать независимого Каннингхэма, но был вынужден согласиться с общим мнением моряков и вызвать адмирала. На посту первого лорда Каннингхэм оставался решительным и независимым. Когда эскадра Фрезера повредила авиабомбами линкор «Тирпиц», стоящий в Альтен‑фьоде, и отошла, Каннингхэм потребовал повторить атаку, чтобы уничтожить корабль, и добился повторной попытки. Он продолжал консультировать У. Черчилля по морской стратегии.

В своих записках Д. Эйзенхауэр вспоминал:

«…Эндрью Каннингхэм… был адмирал нельсоновского типа. Он считал, что корабли отправляются в море, чтобы найти и уничтожить противника. Он всегда мыслил категориями наступления, а не обороны. Каннингхэм был энергичен, вынослив, разумен и откровенен. Несмотря на свою строгость, он пользовался исключительным уважением среди личного состава английских военно‑морских сил и в значительной мере у офицеров и солдат других видов вооруженных сил…»