Сам адмирал, полагая по донесениям летчиков центральную группу японских кораблей выведенной из строя, действовал против неатакованного соединения авианосцев Одзавы. Он выдвинул вперед 6 линейных кораблей с крейсерами и эсминцами, чтобы прикрыть авианосцы на случай появления линкоров «Исэ» и «Хьюга». С утра 25 октября американские самолеты наносили удар за ударом по неприятельским кораблям. Несмотря на просьбу Кинкейда о помощи, Хэлси продолжал истребление японского соединения. Только получив запрос Нимица, где находится 34‑е оперативное соединение, Хэлси направил его и одну из авианосных групп срочно к Филиппинам. Остальные 2 группы атаковали корабли Одзавы; из 17 его кораблей 9, в том числе все авианосцы, были потоплены авиацией, и один — подводной лодкой; остальные вернулись в Японию, ибо теперь Хэлси избрал другую цель. Он намеревался перехватить силы Куриты и сам с линкорами «Нью‑Джерси», «Айова», 3 крейсерами, 8 эсминцами поспешил к проливу Сан‑Бернардино. Однако время, потраченное на заправку эсминцев, помогло Курите прорваться. На отходе он потерял крейсер и эсминец от ударов авианосных групп 3‑го флота. Японский флот фактически перестал существовать.

После упорных боев остров Лейте был окончательно занят 26 декабря. Американцы бомбардировали Филиппинские острова, истребляли японскую авиацию, боролись с атаками камикадзе. В январе 1945 года 3‑й флот обеспечивал высадку на острове Лусон, подавляя авиабазы противника на Филиппинах и Формозе. 9 января американские войска высадились в заливе Лингайен. После этого адмирал получил разрешение адмирала Кинга повести авианосное соединение в Южно‑Китайское море. Атаками с воздуха были потоплены десятки судов из конвоев, двигавшихся у берегов Индокитая, затем авианосцы нанесли удары по Формозе, Пескадорским островам и берегам Китая и благополучно ушли, хотя японское радио сообщало, что 38‑е соединение закупорено в Южно‑Китайском море.

26 января, после возвращения из рейда, Хэлси сдал командование адмиралу Спрюэнсу, а 3‑й флот переименовали в 5‑й. Вернулся Хэлси на 3‑й флот лишь 28 мая, в период борьбы за Окинаву. Атаки камикадзе держали в напряжении моряков. С другой стороны, 2 и 3 июня корабельная авиация продолжила налеты на аэродромы острова Кюсю. Затем по предложению Хэлси с Филиппин на Окинаву для воздушной поддержки армии перебросили 14‑ю авиагруппу морской пехоты, после чего адмирал отвел 38‑е оперативное соединение в залив Лейте для подготовки к действиям против объектов на Японских островах. 10 июля американцы совершили налет в район Токио. Так как воздушное сопротивление противника оказалось слабым, Хэлси перенес удары на острова Хонсю и Хоккайдо. Кроме ударов с воздуха, берега двух островов обстреляли надводные корабли. Американцы потопили много судов, в том числе паромы, на которых с Хоккайдо доставляли на Хонсю уголь и железную руду. 18 июля был повторен налет на Токио. 24 и 25 июля авианосная авиация нанесла значительные повреждения кораблям японского флота в Курэ. Хэлси не был удовлетворен результатами, и налет на Курэ повторили 28 июля. Японский флот перестал существовать.

2 сентября адмирал участвовал в церемонии подписания капитуляции на борту его флагманского линейного корабля «Миссури». В декабре 1945 года Хэлси стал адмиралом флота пятизвездного ранга и был утвержден сенатом США через четыре месяца. С 1 апреля 1947 года моряк ушел в отставку, занялся бизнесом. В 1951—1957 годах он был президентом компании. Умер Хэлси 16 августа 1959 года в Фишерс‑Айленд, штат Нью‑Йорк.