Несмотря на возражения оперативных командований групп «Восток» и «Запад», считавших необходимым сохранять небольшие наличные силы, в мае Редер настоял на использовании главных сил флота для уничтожения конвоев англичан, которые 24 апреля 1940 года высадились в Норвегии. Гросс‑адмирал приказал адмиралу Маршаллю обстрелять английскую военно‑морскую базу в Харстаде, чтобы облегчить положение остававшихся в Нарвике альпийских стрелков, а затем по требованию Гитлера приказал поддержать отряд Фойрштейна, пробивавшийся из Тронхейма на помощь Дитлу. Когда Маршалль запросил, какой приказ выполнять первым, Редер ответил: «Оба». Маршалль с линкорами «Шарнгорст», «Гнейзенау», крейсером «Хиппер», 4 эсминцами и танкером «Дитмаршен» направился к Нарвику. Узнав 7 июня, что англичане вывели из Нарвика 3 конвоя, Маршалль вопреки приказу бросился на перехват их. Германским кораблям удалось потопить авианосец «Глориус», несколько судов и эскортных кораблей. Попадание торпеды в «Шарнгорст» заставило Маршалля идти на ремонт в Тронхейм, не добив английский конвой. Однако Редер не одобрил действия Маршалля, что и послужило вскоре основанием для смены его более послушным Лютьенсом.

Когда началась подготовка вторжения в Англию через Ла‑Манш, Редер собрал более 3000 различных плавсредств, включавших старые дырявые посудины. Однако вторжение было отменено, ибо наличные силы прикрытия были мизерны, и достаточно было одному боеспособному кораблю оказаться в проливе, чтобы истребить армию вторжения на воде.

10 октября 1939 года пришлось отказаться от плана «Z». Редер предложил Гитлеру перенести тяжесть на подводный флот и строить по 29 лодок в месяц вместо 2. Не получив поддержки, он был вынужден отказаться от замысла, чтобы не замедлить постройку крупных кораблей, на которые рассчитывал.

С 1941 года Гитлер стал чаще вмешиваться в дела морского командования. Он высказался против выхода «Бисмарка» в плавание, и когда линкор был потоплен 27 мая, начал терять доверие к Редеру. Еще меньше доверия у фюрера оказалось после того, как Редер усомнился в возможности провести корабли в воды Германии через Ла‑Манш, а операция, предпринятая по инициативе Гитлера, удалась. Но последней каплей явилась неудачная попытка «Хиппера», «Лютцова» и 6 эсминцев атаковать конвой «PQ‑17» в конце декабря 1942 года. Командовавший отрядом вице‑адмирал О. Куммец, имевший приказ не рисковать, избегал прямой атаки конвоя, но тем не менее столкнулся с двумя британскими крейсерами, причем «Хиппер» получил повреждение, а эсминец погиб. Разъяренный Гитлер заявил, что прикажет сдать на металлолом все крупные корабли. Он вызвал Редера. Тот, приехав в Берлин, сказался больным и встретился с фюрером только через пять дней. Однако Гитлер высказал ему столько, что Редер подал в отставку 30 января 1943 года.

Редер получил почетный титул генерального инспектора флота. В мае 1945 года он с женой попал в плен к русским, пережил 20 мая сильный инфаркт и после лечения был отправлен в Москву, а осенью, как военный преступник, предстал перед международным трибуналом в Нюрнберге. Гросс‑адмирал был признан виновным и присужден к пожизненному заключению, хотя и просил заменить его расстрелом. До 17 января 1955 года Редер оставался в тюрьме, после чего его освободили по состоянию здоровья. Моряк поселился в Киле, где написал книгу «Моя жизнь». Умер он 6 ноября 1960 года в Киле, в возрасте 84 лет.