После этого последнего выхода Флота открытого моря, 11 августа 1918 года, Шеера назначили начальником генерального морского штаба, а его место занял Хиппер. Но и он не проявлял активности, ибо война шла к концу.

Основную активность в период командования Шеера проявляли подводные лодки. В начале 1916 года Тирпиц выступил в поддержку немедленного развертывания неограниченной подводной войны и после отказа от нее ушел в отставку. Тем не менее подводные лодки действовали активно. Весной 1916 года при ограниченной войне на один выход подводной лодки приходилось 17 тысяч тонн потопленных судов. Однако протест США после потопления французского парохода «Суссекс» заставил германское правительство еще более ограничить действия подводников, что снизило эффективность их действий.

После объявления Германией 1 февраля 1917 года неограниченной подводной войны англичане расширили минные поля в районах, прилежащих к германским водам, что затруднило выход лодок в море. Тем не менее германские подводники действовали эффективно. В частности, летом за каждый выход они уничтожали 14000 тонн неприятельских судов. Однако эффективность противолодочной обороны союзников снизила эту величину к осени 1917 года до 9000 тонн.

Позднее в Палате общин было высказано мнение, что Англия могла быть разорена, если бы неограниченная подводная война продолжалась 9 месяцев столь же успешно, как в апреле 1917 года. Однако в октябре 1918 года от неограниченной подводной войны вновь отказались. При этом, принимая решения, нередко действовали через голову Шеера.

Когда под давлением США германское правительство отказалось от неограниченной подводной войны, Шеер решил использовать освободившиеся подводные лодки во взаимодействии с надводным флотом. Незадолго до того он добился с помощью фельдмаршала Гинденбурга сосредоточения всего руководства флотом в своих руках. Тирпиц полагал, что «…значительное количество подлодок, направленное впереди флота в определенный район моря, могло до известной степени компенсировать численное превосходство врага, а в случае поражения нашего флота они могли бы прикрывать его отступление, что было особенно важно. Чтобы задержать общий отход наших армий во Фландрии посредством наступательной операции, наши быстроходные военные корабли должны были предпринять рейд в восточную часть Ла‑Манша; линейный же флот в соединении с подлодками должен был прикрывать эту операцию, заняв позицию у голландского побережья. При этом следовало, конечно, предвидеть возможность сражения. Если бы дело действительно дошло до сражения, то при таком расположении сил мы могли принять его с надеждой на успех, а если к тому же нам улыбнулось военное счастье, то это особенно тщательно подготовленное предприятие могло бы еще раз произвести переворот в судьбе нашего народа». Однако революционное брожение сорвало эти планы.

Пока шли переговоры о мире и в Англии готовили списки кораблей, которые Германия должна выдать союзникам, Шеер попробовал продолжить войну. Не оповещая новое правительство, он 22 октября приказал Хипперу «нанести удар английскому флоту всеми имеющимися силами». Хиппер разработал план ночного боя, к которому флот готовился. Шеер утвердил план. Однако выход в море, намеченный на 30 октября, не состоялся, ибо восстали команды дредноутов «Тюринген» и «Гельголанд», отказавшиеся выполнить приказ офицеров, не одобренный социал‑демократическим правительством. Выступление удалось подавить, но Хиппер не решился выходить с ненадежными экипажами. Он оказался прав: уже 4 ноября в Киле восстали и подняли красные флаги моряки почти всех кораблей.

Через несколько дней в соответствии с условиями перемирия с Германией лучшие корабли Флота открытого моря прибыли на рейд Инкейт в Скапа‑Флоу. Они стояли там, пока шли переговоры между союзниками о разделе трофеев. 21 июня 1919 года германские моряки затопили свои корабли, чем прекратили дискуссии между союзниками о их распределении.

После войны Шеер написал воспоминания «Германский флот в мировую войну». На русском языке они появились в 1940 году.

Скончался адмирал 26 ноября 1928 года в Марктредвице. Его имя вскоре получил один из «карманных линкоров» восстанавливаемого германского флота.