В ноябре 1916 года Джеллико после нескольких дней раздумий принял предложение морского министра занять пост первого морского лорда. До конца 1917 года он занимал этот пост. Под его руководством была начата активная борьба с германскими подводными лодками. Еще 29 октября 1916 года, до развертывания неограниченной подводной войны, Джеллико писал адмиралтейству:

«Серьезная опасность в том, что наши потери торгового тоннажа вместе с потерями торгового тоннажа нейтральных стран могут к началу лета 1917 года настолько сказаться на ввозе продуктов в страны союзников, что это может заставить нас пойти на такие мирные условия, которые не оправдывались бы военной обстановкой на континенте и далеко не соответствовали бы нашим желаниям».

Однако сторонник линейных флотов и генерального сражения, истребляющего флот врага, Джеллико выступал ярым противником организации конвойной службы, и лишь личное вмешательство премьер‑министра Ллойд‑Джорджа, который 30 апреля 1917 года посетил адмиралтейство и своей властью отправил первый конвой, помогло обезопасить перевозки в морях.

Нерешительность и осторожность Джеллико, усиленные моральной надломленностью после 27 месяцев командования флотом, привели к тому, что в декабре 1917 года адмирал сдавал дела новому первому морскому лорду.

После окончания войны Джеллико, как и Битти, был окружен почетом и славой. Для двух флотоводцев были специально созданы вакансии адмиралов флота, об этом было объявлено 3 апреля 1919 года. 7 августа Джеллико получил, как один из выдающихся флотоводцев, 50000 фунтов стерлингов (вдвое меньше, чем Битти).

В феврале 1919 года адмирал Джеллико на линейном крейсере «Нью Зеланд» отправился в плавание по доминионам. Он посетил Индию, Австралию, Новую Зеландию и Канаду. Исходя из необходимости добиваться безопасности морских коммуникаций, адмирал пришел к выводу, что, несмотря на англо‑японский союз, главным противником станет Япония с ее быстро растущей морской мощью. По плану Джеллико следовало создать на Дальнем Востоке флот, сопоставимый с флотами других держав в этом районе, укрепить Сингапур и Гонконг против атаки линейных кораблей, создать мощные военно‑морские базы на берегах Австралии. Адмирал рассчитывал, что Австралия, Новая Зеландия и Индия возьмут на себя значительную часть расходов по сооружению и содержанию этого флота. Однако ни в одном из доминионов флотоводца даже не принял премьер‑министр. Доминионы уклонились от роста военных расходов. Кроме того, стоимость программы превышала возможности империи. Было принято решение сохранять союз с Японией, ибо более опасным конкурентом Великобритании становились США.

С 1920 года Джеллико был губернатором Новой Зеландии. В 1925 году вышел в отставку. Он выпустил ряд книг: «Гранд‑Флит в 1914—1916 гг.; его создание, развитие и деятельность» (1920); «Кризис морской войны» (1920); «Подводная опасность» (1934).

Скончался Джеллико 20 ноября 1935 года в Лондоне. 26 ноября катафалк с гробом доставили к Собору Святого Павла, где флотоводца похоронили. А 21 октября 1949 года Джеллико и Битти были открыты памятники на Трафальгарской площади. Памятники невелики по сравнению с колонной Нельсона, и не все приходящие на площадь знают, что они символизируют.