В ходе Агадирского кризиса (февраль 1911 года), когда Ллойд‑Джордж заявил, что без Англии нельзя производить передел Марокко, флот оказался не готов к действиям. Более того, и морской министр Маккенна, и первый морской лорд Уилсон выступали противниками переброски войск на континент, считая необходимым тесную блокаду германских портов и захват Гельголанда. Безумный план был отвергнут, и 25 октября 1911 года пост морского министра занял У. Черчилль. Он часто советовался с адмиралом — соратником по политической борьбе. По совету Фишера, в частности, в 1912 году начали перевод военно‑морского флота с угля на нефть. Были заложены 5 линейных кораблей типа «Куин Элизабет» с нефтяным отоплением и 15‑дюймовой артиллерией, которые многие считали лучшим изобретением в британском флоте. Адмирал давал свои рекомендации по материально‑техническому обеспечению флота.

После начала войны с Германией Черчилль назначил Фишера командующим морскими силами Англии. Мероприятия адмирала по улучшению организации флота после поражения при Коронеле позволили добиться победы у Фольклендских островов в декабре 1914 года. Флагман работал над развитием кораблестроения, созданием концепции морской блокады и минных операций, которые англичане использовали до конца войны. Назначение Фишера благожелательно восприняли как на флоте, так и в прессе. Моряку было 74 года, но его энергию и организаторские способности признавали даже молодые офицеры. Он решительно заменял непригодных офицеров высоких рангов.

Весной 1915 года Фишер пришел к выводу о бесперспективности идеи «периферийного флота», воплощением которой стала Дарданелльская операция. Он отказывался посылать подкрепления для этой любимой операции У. Черчилля и в середине мая оставил свой пост. Уход Фишера повлек за собой и вынужденную отставку Черчилля.

После Дарданелльской операции в строй начали вступать новые корабли, заложенные по замыслам Фишера в начале войны. Адмирал, уверовав в преимущество скорости над защитой после боя у Фольклендских островов, организовал проектирование линейных крейсеров нового вида «Рипалс» и «Ринаун» с 6 пушками 381‑мм калибра и 152‑мм броней и скоростью в 31—33 узла. За ними последовали линейно‑легкие крейсера «Фьюриес», «Глориес» и «Коррейджес» со скоростью до 35 узлов, вооруженные тяжелыми орудиями, но с бортовой броней всего 76 мм. Однако опыт Ютландского боя заставил усилить броневую защиту «Рипалса» и «Ринауна», а остальные в состав Гранд Флита вообще не включили. Позднее их корпуса перестроили в авианосцы. Но и без них пополнение британского флота превосходило по мощи пополнение флота германского.

Фишер был сторонником неограниченной морской блокады. Он писал: «Война не имеет правил. Суть войны — насилие. Самоограничение в войне — идиотизм. Бей первым, бей сильно, бей без передышки». Уже с началом войны британское правительство организовало блокаду. После возвращения 30 октября в адмиралтейство Фишера нейтральным судам без захода в британские порты и декларации груза стало опасно идти в Северное море, ибо они не знали безопасных проходов в минных полях. Военной контрабандой считали почти все, включая хлопок и продовольствие. Англичане захватывали нейтральные суда, в том числе американские. Это вызвало ответные меры со стороны США, которые, начав с нот протеста, перешли с 1916 года к усилению морского вооружения. Зарождалось англо‑американское морское соперничество.

10 июля 1920 года Фишер скончался в Лондоне. Это был адмирал, способный выдвигать идеи и решительно, твердо их осуществлять, несмотря на сопротивление. Его стремление добиваться не количества, а качества позволило британскому флоту долгие годы занимать передовые позиции в мире.