Еще в 1834 году Лазарев выработал план отражения возможного вторжения англичан на Черное море, включавший высадку десанта на Босфоре, а при прорыве врага через проливы — уничтожение противника в море или у Севастополя. Для этого требовались боеспособные корабли. В сотрудничестве с начальником штаба В.А. Корниловым Лазарев работал над требованиями к устройству и вооружению военных кораблей. Флот укомплектовали современными судами. Были усовершенствованы адмиралтейства в Николаеве, Новороссийске, построено адмиралтейство в Севастополе, законченное после смерти адмирала и названное Лазаревским. Расширялось строительство Севастополя. Усиленное гидрографическое депо подготовило карты и атласы Черного и Азовского морей.

За годы управления Лазарева было построено свыше 110 боевых и вспомогательных кораблей, в том числе 17 линейных и 8 пароходов. Артиллерия, которая вместо ядер использовала бомбы, широко была принята на вооружение Черноморского флота, ранее чем за границей. Моряк предложил использовать отечественный уголь будущего Донбасса и установил его преимущество перед импортным.

В 1838—1840 годах Лазарев с эскадрой организовывал высадки десантов на берега Кавказа при Туапсе, Псезуапе, Субаши, Шапсухо. Проходили они по четко разработанному плану, в котором сочетались действия корабельной артиллерии, высадочных средств и войск. Перед высадкой под руководством Лазарева штаб готовил становившийся обычным набор документов (диспозиция кораблей и фрегатов, приказ на высадку, расписание войск по гребным судам, диспозиция гребных судов, приказ о действиях гребных судов). Впервые были разработаны планы непрерывной огневой поддержки высаживаемых войск. Моряков и войска предварительно тренировали. Тщательная подготовка позволяла добиваться успеха при небольших потерях.

Была налажена тесная связь между моряками и командованием сухопутных войск. Практика взаимодействия флота с армией сохранялась и позднее, сыграв свою роль в обороне Севастополя.

Высаженные войска создавали Кавказскую береговую линию, которая при поддержке крейсирующих в море отрядов прерывала контрабандную доставку оружия горцам и способствовала прекращению войны в горах. Одно из укреплений линии было названо Лазаревским. Название сохранилось на карте поныне.

Все Кавказское побережье было разделено на участки и закреплено за крейсирующими отрядами. Благодаря круглогодичному патрулированию без заходов в базы моряки получали великолепную практику, каковой не имели на Балтике с ее замерзающими портами.

За успехи в развитии флота М.П. Лазарева наградили высшими орденами, 10 октября 1843 года произвели в адмиралы.

Помощниками адмирала стали те моряки, коих флагман проверил в боях и дальних походах. Становясь адмиралами, лазаревцы (Нахимов, Корнилов и другие) знания, умение и непоколебимый морской дух распространили на все суда своих эскадр. Они вносили улучшения в конструкцию кораблей, в уставы и наставления. На счету передовых офицеров — Севастопольская морская библиотека и парусный флот, моряки которого продемонстрировали свою подготовку в долгих крейсерствах у Кавказских берегов, в боях с турками и обороне Севастополя.

Скончался М.П. Лазарев 11 апреля 1851 года от рака желудка. Похоронили адмирала во Владимирском соборе Севастополя. После него остался Черноморский флот, по подготовке один из лучших в мире. На долгие годы лазаревская морская школа легла в основу воспитания моряков, и знаменитое «В море — дома» С.О. Макарова проистекает отсюда же.