За полвека, которые Аландские острова принадлежали России, их почти не укрепляли. Постройку крепости у Бомарзунда начали после 1829 года, однако были сооружены лишь оборонительная казарма и три башни, составляющие около одной пятой запланированных построек. Под командованием полковника Бодиско состояло менее 2000 человек, а на вооружении укреплений стояли пушки малых калибров. Непир предложил взять именно эту недостроенную крепость. Британское адмиралтейство утвердило план, Франция предоставила корпус в 13 тысяч человек.

9 июля союзный флот перешел к Аландским островам и блокировал их 19 июля прибыли суда с французскими десантными войсками. 26 июля союзники высадили десант (11 тысяч южнее и 3 тысячи — для отвлечения внимания — севернее Бомарзунда). Через два дня началась установка осадных орудий и обстрел крепости с моря и суши, продолжавшийся до 4 августа, когда союзники взяли Бомарзунд. Подорвав укрепления, они покинули Аландские острова. 28 августа десантные войска отправили во Францию. За ними постепенно уходили корабли. Атака Свеаборга не состоялась. 1 октября главные силы, ограничивавшиеся блокадой, вернулись в базы.

Первый лорд адмиралтейства Джемс Грэхем по возвращении Непира в Англию сместил его с поста командующего и указал на адмирала в качестве виновника неудачи, обвиняя его в том, что тот уклонялся от выполнения смелых приказов адмиралтейства. Непира осмеивали в прессе, а когда тот потребовал расследования своих действий, ему было отказано под предлогом того, что опубликование документов могло принести вред флоту ее величества. Общественное мнение Англии одобрило замену Непира адмиралом Ричардом Дондасом. Однако и Дондасу не удалось добиться большого успеха. Ни блокада Кронштадта, ни бомбардировка Свеаборга, ни попытка высадиться в Выборге не принесли союзникам больших лавров. Неудача союзного флота в кампании 1855 года показала, что дело не только в Непире. Тем не менее ему более не поручали командование в море.

Оправдываясь, Непир в июне 1855 года начал публикацию серии писем. В парламенте он рассказывал о подготовке флота и руководстве им первого лорда адмиралтейства сэра Джемса Грэхема, тот в свою очередь отрицательно характеризовал деятельность Непира, подтверждая, что того не зря уволили в отставку. В 1855 году и Грехэму пришлось оставить свой пост.

Умер сэр Чарльз Непир 6 ноября 1860 года около Катерингтона (Хэмпшир). После себя он оставил несколько книг о боевых действиях, в которых участвовал. Однако все же флагман вошел в историю главным образом неудачной кампанией на Балтике.