В 1822 году моряк стал во главе флота Бразилии, воевавшей за независимость от Португалии. С 2 фрегатами Кочрен одержал верх над португальским флотом из 13 военных судов и 60 транспортов. Часть он потопил, а остальные не допустил к гавани Маранхао для снабжения. Португальскому флоту пришлось отплыть в Европу, благодаря чему Бразилия успешно завершила войну за независимость. В 1823 году король Педро I возвел моряка в звание маркиза Маранхао. Однако и здесь Кочрен не ужился с правительством.

В 1827 году Кочрен принял командование вновь созданным флотом Греции, но так и не добился от греческого правительства достаточной поддержки для создания морских сил. Благодаря своевольному образу действий главнокомандующий скоро потерял влияние.

Разочарованный в десятилетних попытках найти справедливость, Кочрен вернулся на родину. Слава, приобретенная моряком в иных странах, примирила с ним соотечественников, гордившихся его победами в Южной Америке. В 1829 году ему удалось снять с себя ложные обвинения.

После смерти отца в 1831 году Кочрен унаследовал его титул. Король Георг IV вернул в 1832 году лорду прежнее положение на флоте. Умудренный опытом, Кочрен научился ладить с командованием, был назначен в 1848—1851 годах начальником Американской и Вест‑Индской баз и вернулся адмиралом. Результатом его пребывания там стал труд о минералогии, государственном устройстве и условиях на Британских Вест‑Индских островах. Королева Виктория в 1847 году пожаловала моряку орден Бани.

В этот период Кочрен стал убежденным сторонником паровых двигателей на кораблях. До конца жизни моряк занимался техническими усовершенствованиями. Еще с 1811 года он начал разрабатывать «Секретный план войны», предусматривавший средства разрушения неприятельских портов и береговых укреплений. Тогда его предложение не нашло поддержки. В годы Крымской войны Кочрен предложил создавать «взрывные» и «отравляющие» корабли. Первые напоминали огромные плавучие мины, начиненные порохом, и при взрыве должны были разбрасывать куски металла и другие предметы, поражающие укрепления на берегу и суда в порту на расстоянии полумили. Вторые следовало наполнять углем и серой; подожженная смесь при удачном направлении ветра должна была выпускать зловоние — отравляющие газы, — поражающие солдат на береговых укреплениях. Кроме того, с кораблей следовало спускать на воду смолу, калий и лигроин, поджигать и пускать по ветру на неприятельский порт. Под прикрытием полученного дыма моряки должны были высаживаться на берег. Адмиралтейство серьезно рассматривало его проекты, но сдача Севастополя прекратила работы. На секретный план Кочрена внимание обратили лишь в 1908 году, когда встал вопрос о применении отравляющих газов. Возможно, он повлиял на использование газов в Первой мировой войне.

Скончался Кочрен осенью 1860 года. Его имя осталось в истории нескольких флотов мира.