Энергичный Сидней Смит реагировал на любую деятельность французов. Этим воспользовались французские солдаты, которым платили за найденные ядра. Они специально демонстрировали сооружение укреплений или другие активные действия, вызывая пальбу с английских кораблей, а потом собирали и сдавали в артиллерийский парк ядра по 5 су за штуку.

Отступление французских войск от Акры привело Сиднея Смита к мысли, что Александрию легко взять. Он убедил турецкого вице‑адмирала и сераскира, что 25 тысяч войск, которыми они располагали, достаточно для этой операции, ибо полагал, что французские войска при штурме и в обратном переходе через пустыню понесли большие потери. Кроме высадки десанта по суше стягивались конные отряды, но они были разбиты еще на подступах к цели.

12 июля 1799 года 13 линейных кораблей, 9 фрегатов, 30 канонерских лодок, 90 транспортов англо‑турецкого флота с турецкими войсками прибыли на Абукирский рейд. 14 июля визирь Мустафа‑паша высадил десант и 17 июля овладел фортом Абукир, орудия которого господствовали над рейдом. Однако Бонапарт, узнавший о появлении эскадры у Абукира, выдвинул войска. Они перекрыли выход с перешейка, соединявшего полуостров и материк. Французы изгнали турецкие канонерки, вошедшие в озеро Мадия.

В этой операции Сидней Смит выступал как советник визиря Мустафа‑паши, хотя и не разбирался в сухопутных действиях. В Абукирском сражении 25 июля турецкие войска были разбиты и понесли большие потери. Сам Сидней Смит чуть не был взят в плен и едва успел бежать на шлюпке. Визирь Мустафа попал в плен. 2 августа капитулировали после упорного сопротивления защитники форта Абукир.

Порта обвинила в гибельном предприятии Сиднея Смита. Наполеон объяснил эту бессмысленную попытку незнанием военного дела коммодором, который пытался овладеть Египтом с помощью войск, уступавших по подготовке и оснащению французским. Он считал, что не менее бессмысленной и гибельной явилась через месяц попытка Сиднея Смита высадить у Дамиетты дивизию янычар, но отмечал дипломатическое умение коммодора, который вел впоследствии успешные переговоры с Клебером в Эль‑Арише.

24 января 1800 года после франко‑турецких переговоров в Эль‑Арише было решено, что французская армия покидает Египет на своих и турецких судах. Сидней Смит участвовал в них и поддерживал французов. Однако Томара предупреждал Ушакова, что, возможно, этот договор — ловушка с целью уничтожения французских войск при возвращении турецкими силами. С другой стороны, и англичане подозревали французов в возможном обмане. 14 мая 1800 года в рапорте Павлу I Ушаков сообщил, что перестрелки французов с турками в Египте привели к деморализации и бегству турецкой армии и договор считался разорванным. Из Лондона прибыло сообщение, что никто не уполномочивал Сиднея Смита вести переговоры, однако британское правительство согласно выпустить французскую армию из Египта и снабдить перевозящие ее суда паспортами, заменяющими конвой.

В 1801 году Сидней Смит участвовал в высадке английской армии Аберкромби в Египте, начатой в марте и приведшей к капитуляции Александрии 2 сентября.

Очевидно, эту разнообразную, но направленную на пользу Британской империи деятельность высоко оценили в Лондоне. В 1830 году Сидней Смит был назначен главнокомандующим английскими морскими силами.

Скончался он в 1840 году, окруженный уважением.