Когда к началу 1799 года сформировалась вторая антифранцузская коалиция, союзный флот под командованием адмирала Дункана крейсировал в море, блокируя неприятельские базы в Бресте, Текселе и Кадисе. В его распоряжении находились и эскадры под общим командованием русского вице‑адмирала Макарова, которые были направлены для блокадных действий в мае—июле 1798 года.

С января по апрель 1799 года 14 линейных кораблей, 4 фрегата и катер вице‑адмиралов Макарова, Тета и контр‑адмирала Карцова стояли на Блекстонском и Норском рейдах. 29 апреля эскадра контр‑адмирала Карцова из 3 кораблей и фрегата была отправлена на Средиземное море и 22 августа присоединилась на Палермском рейде к эскадре Ф.Ф. Ушакова. Остальные корабли крейсировали у британских берегов, прикрывая судоходство, а в июле—августе принимали участие в захвате Текселя.

Союзники начали боевые действия в Батавской республике, намереваясь изгнать французов, восстановить правление штатгальтера и захватить или уничтожить голландский флот, чтобы им не воспользовалась Франция. К концу июля союзный флот сосредоточился у Текселя. Английская эскадра Дункана насчитывала 9 линейных кораблей, русская — 7 кораблей и 2 фрегата. До начала августа союзный флот крейсировал у Текселя. Затем прибыла эскадра вице‑адмирала Митчелла, включавшая 180 судов с десантом (дивизия Аберкромби из 12600 человек). Но ожидание, прерываемое обычными переходами судов, продолжалось.

10 августа Дункан отправил адмиралу голландского флота Сторей и коменданту крепости Гельдерн предложение о сдаче и приготовился к атаке, но парламентер привез отказ, а шторм утром 11 августа заставил союзников отойти. 15 августа, когда волнение утихло, союзный флот обложил Гельдерн в несколько линий. Первую составили бомбардирские и мелкие суда, вторую — фрегаты и шлюпы, третью — транспорты и гребные суда; линейные корабли Митчелла и Макарова на левом фланге наблюдали за батавским флотом, а Дункан и Тет охраняли высадку с правого фланга.

16 августа после полудня вице‑адмирал Макаров получил письмо Дункана, в котором тот предлагал по сигналу послать гребные суда к транспортам для перевозки войск. На британских, затем на русских кораблях вместе с кормовыми были подняты флаги принца Оранского. Союзники демонстрировали, что идут для возвращения власти законному правителю. 16—17 августа английские войска были высажены южнее Гельдерна и, заняв крепость, открыли союзному флоту вход в гавань острова Тексель.

Успех десанта повлиял на состояние голландского флота. Стоявшие в северном проходе у Текселя голландские корабли ушли за возвышенность мыса Какдоун. 19 августа корабли «Ретвизан», «Европа», «Мстислав» были присоединены к отряду Митчелла и задействованы при сдаче голландского флота англичанам. Присутствовал при этом и принц Оранский. 11 союзных кораблей, 6 фрегатов, 4 корвета Митчелла и Тета вошли на Тексельский рейд и стали против батавского флота; распространенные на берегу прокламации с призывом восстановить власть штатгальтера и флаги принца Оранского на мачтах союзных кораблей сделали свое дело: матросы отказались стрелять в союзников, выбросили снаряды в море, и голландскому адмиралу пришлось капитулировать. Союзники, отправили свои команды на голландские суда. Русские корабли «Ретвизан» и «Мстислав» взяли два корабля, в том числе флагманский «Вашингтон» — он был доставлен в Англию «Ретвизаном», а флаг и вымпел с другого корабля посланы в Россию и помещены в Петропавловской крепости Санкт‑Петербурга. Командовавший «Ретвизаном» А.С. Грейг был награжден орденом Святой Анны 2‑й степени, а в 1802 году за то же получил орден Святого Георгия 4‑й степени; Макарову Дункан прислал письмо с выражением признательности.

Все 10 кораблей и 12 фрегатов были отправлены в Англию под конвоем англичан, за ними пошли и три русских корабля. Из остальных кораблей 20 августа Дункан приказал составить крейсирующую эскадру вице‑адмирала Тета (4 корабля, фрегат и катер).

Англичане продолжали высаживать подкрепления, к 1 сентября удвоив численность войск в Батавской республике. Со 2 по 6 сентября были высажены с кораблей П.В. Чичагова русские войска. Однако начатое союзниками наступление вглубь страны, не поддержанное населением, окончилось поражением. Союзники были вынуждены 7 октября заключить перемирие и с 13 октября по 8 ноября эвакуировали войска в Англию.

За то, что в 1799 году, командуя соединенной эскадрой у Текселя, Макаров высадил десант на голландский берег и помог англичанам овладеть голландским флотом, император наградил его орденами Святого Иоанна Иерусалимского и Святого Александра Невского, пенсией в 2000 рублей. От англичан вице‑адмирал получил вторую золотую шпагу, украшенную бриллиантами.

В 1800 году русские эскадры вернулись на Балтику. Так как русско‑английские отношения испортились, Павел I отказался посылать подмогу британскому флоту. Более того, флот этот оказался противником. Объявленный в 1800 году по инициативе Павла I «вооруженный нейтралитет» приобрел антианглийскую направленность. Посланной на Балтику английской эскадре следовало заставить союзников отказаться от своих намерений. Нельсон совершил знаменитое нападение на датский флот в порту Копенгагена, заставил укрыться в гавани флот шведский и готовился направиться к Ревелю.

Боевые действия адмирала Дункана на море завершились в 1799 году. В 1800 году он вышел в отставку. Возможно, причиной стало несогласие моряка с движением флота против России — недавнего союзника по коалиции. Скончался флотоводец в 1804 году.