26 августа эскадра Ушакова прибыла в Неаполь и соединилась с отрядом Сорокина. Фердинанд IV поручил адмиралу руководство военными действиями и подчинил ему неаполитанские войска. Ушаков высадил на берег десантный отряд полковника Скипора (818 человек), который 19 сентября вступил в Рим. После взятия Рима адмирал намечал направить 600 человек в помощь войскам, осаждавшим Анкону. К Чивита‑Веккии адмирал послал капитан‑лейтенанта Эльфинстона с фрегатом «Поспешный» и неаполитанским судном, чтобы препятствовать вывозу ценностей, награбленных французами. Однако австрийцы, не успевшие к Риму, дипломатическим путем овладели Анконой, которая была уже почти взята Войновичем. Коммодор Троубридж и другие союзники приняли капитуляцию у гарнизона Чивита‑Веккии, позволившую французам свободно эвакуироваться. Все эти действия шли вразрез с союзническими обязательствами.

Тем временем Нельсон, убедившись, что не может со своими войсками (2700 англичан) самостоятельно взять Мальту с 4000 гарнизоном, в конце октября предложил Ушакову принять участие в осаде. 20 декабря после подготовки русская эскадра (7 кораблей, фрегат, 8 малых судов с 2000 гренадер на борту) вышла из Неаполя. 22 декабря, зайдя в Мессину, адмирал получил приказ возвратиться с эскадрой на Черное море. Император был разочарован в союзниках, из‑за действий которых гибли русские войска в Швейцарии.

1 января корабли Ушакова выступили из Мессины и 8 января прибыли на Корфу. Несколько месяцев потребовалось для ремонта. Русские эскадры продолжали крейсерство, ибо англичане добились обещания Павла I оказать поддержку в осаде Мальты. Получив повеление от 10 апреля 1800 года, Ушаков начал готовиться к походу. Он вызвал Сорокина из Неаполя, чтобы везти войска на Мальту. Однако Бонапарт как первый консул организовал поход в Италию. После поражения при Маренго 14 июня 1800 года Австрия согласилась на перемирие. Крейсерства у берегов Италии становились бесперспективными, и Павел I вновь приказал вести эскадру на Черное море.

26 октября эскадра вернулась в Ахтиар, как теперь именовали Севастополь. За 2, 5 года плавания она лишилась 400 человек, но не потеряла ни одного корабля, что свидетельствует о мастерстве флотоводца и хорошей подготовке моряков.

Адмирал готовил отчеты о средиземноморском плавании, когда Павел I был убит и его сменил Александр I. 21 мая 1802 года Ушакова назначили главным командиром балтийского гребного флота и начальником флотских команд в Санкт‑Петербурге.

Видимо, адмирал был недоволен назначением, да и здоровье его слабело. 17 января 1807 года Ушаков по прошению был уволен со службы с ношением мундира и с полным жалованьем.

2 октября 1817 года Ф.Ф. Ушаков скончался в своем поместье в Тамбовской губернии. Похоронили флотоводца у стен Санаксарского монастыря.

Адмирал вошел в историю как опытный и решительный флотоводец, способный организовать боевую подготовку моряков и вдохновить их на подвиги. Сражения, которые проходили под командованием флагмана, неизменно завершались победами, хотя, как правило, численное преимущество было на стороне противника. В честь флотоводца учреждены орден и медаль Ушакова. Ныне ими награждают моряков, проявивших умение и отвагу при защите Родины.

30 ноября 2000 года решением Комиссии по Канонизации Русской Православной Церкви выдающегося флотоводца причислили к лику местночтимых святых Саранской епархии.