Флагманский корабль А.И. Круза был в самой гуще боя. Вице‑адмирал в одном камзоле с орденской лентой непрерывно курил трубку; на плече его осталась кровь убитого на юте матроса. Когда стало известно о тяжелом ранении Сухотина, Круз на шлюпке под выстрелами направился проститься с ним, а затем обходил на виду у неприятеля корабли своего флота. Он сначала предполагал атаковать 24 мая. Однако сведения о серьезных повреждениях заставили отказаться от этой мысли. В донесении императрице, отправленном 24 мая, вице‑адмирал обещал держаться в виду неприятельского флота, пока не подойдет эскадра Чичагова.

В полночь установился тихий ветер. Но Круз из‑за повреждения кораблей не мог воспользоваться наветренным положением и атаковать неприятеля. Также и шведы не могли напасть на русский флот, находившийся в 4—6 милях; оба флота много маневрировали на узких фарватерах.

Около 2‑х часов шведские корабли поставили все паруса и стали удаляться, что вице‑адмирал приписал появлению Чичагова. В 3‑м часу неприятельский флот был виден вдали, и главнокомандующий дал сигнал построиться в линию баталии по способности. Одновременно продолжался ремонт. К 8 часам на корабле «Чесма» заменили крюйс и крюйс‑брам‑стеньги; поврежденный корабль «Иоанн Богослов» и катер «Гагара» ушли в Кронштадт. Боевая линия уменьшилась до 16 кораблей против 22 неприятельских. Однако Круз готовился к бою, ибо с появлением Чичагова вступал в действие план совместных действий двух адмиралов. По сигналу вице‑адмирала к 10 часам эскадра строила линию баталии. В 11‑м часу главнокомандующий созвал всех капитанов. Русская боевая линия построилась к полудню курсом на юг. Ветер стал попутным шведам, и они с 13‑го до 15‑го часа медленно спускались на русскую линию и маневрировали. После перемены ветра на юго‑западный авангард и легкая эскадра шведов оказались под ветром, и потребовалось время, чтобы восстановить линию.

Круз в начале 15‑го часа сделал сигнал «Приготовиться к бою», в 16‑м часу — «Передним кораблям убавить, а задним прибавить парусов». Он стремился сомкнуть колонну. В начале 17‑го часа шведский флот спустился на русскую линию, и Круз отдал приказ начать бой. До 18 часов огонь распространился по всей линии, а 3 передовых корабля шведов получили приказ обойти и поставить в два огня русские корабли, стоявшие по краям, но те спустились под ветер и повернули, угрожая отрезать шведский авангард. Противники сражались до вечера, пока шведам не стало известно о приближении ревельской эскадры Чичагова. Оказавшийся между двух огней герцог Карл 25 мая приблизился к Выборгской бухте и по приказу короля вступил в нее для прикрытия шхерного флота. Соединившиеся русские эскадры заблокировали неприятеля и через месяц разгромили в Выборгском сражении.

За Красногорское сражение императрица наградила А.И. Круза орденом Святого Александра Невского, за Выборгское — чином адмирала и орденом Святого Георгия 2‑й степени, а 8 сентября — шпагой с надписью «За храбрость», украшенной алмазами.

В последующие годы Круз готовил и выводил в море кронштадтскую эскадру, временами исполнял обязанности главного командира Кронштадтского порта. Вступивший на престол в 1796 году Павел I милостиво отнесся к заслуженному флотоводцу: наградил орденом Святого Андрея Первозванного, назначил адмиралом красного флага (командиром арьергарда флота), а после плавания флота под командованием Павла I в 1797 году — адмиралом белого флага (командующим кордебаталией и фактически всем Балтийским флотом). Император пожаловал флотоводцу табакерку, украшенную бриллиантами, земельные владения (в том числе село Капотню, деревни под Москвой) и каменный дом в Кронштадте. В 1798 году адмирал крейсировал с флотом, чтобы не допустить входа иностранных военных судов на Балтику.

5 мая 1799 года адмирал Круз скончался в кругу семьи. Похоронили его на Лютеранском (Немецком) кладбище в Кронштадте; надгробный памятник в виде ростральной колонны символизировал его морские победы. Могила не сохранилась. На предполагаемом месте захоронения поставлен новый памятник.