1711 год отмечен для России неудачным Прутским походом. Русские полки, окруженные превосходящими турецкими силами, удалось спасти от истребления лишь путем уступок. В частности, пришлось вернуть Турции Азов и разрушить новую базу Азовского флота Таганрог. Часть кораблей увели по Дону, а остальные продали или уничтожили. С этого времени надолго внимание Петра было сосредоточено на Балтике.

В апреле 1712 года, с флагом на корабле «Самсон», шаутбенахт ходил в крейсерство до Красной Горки и Березовых островов. Таким образом он приобретал опыт флагмана. Следующей весной опыт пригодился. Было начато наступление русского галерного флота с войсками вдоль берегов Финляндии. В условиях финского бездорожья это был лучший способ обойти шведские укрепленные позиции. В мае 1713 года Петр поднял флаг на корабле «Полтава» и с эскадрой сопровождал галерный флот до Березовых островов. Затем, командуя авангардом галерного флота адмирала Апраксина, он принял деятельное участие во взятии Гельсингфорса.

В кампании 1714 года Петр с флагом на корабле «Святая Екатерина» командовал корабельным флотом в плавании до Ревеля. Заметив, что при слабой сплаванности эскадр они слабее неприятельских, Петр отказался от выхода против шведского флота с неподготовленной армадой. Узнав о трудном положении галерного флота у Гангута, Петр I прибыл туда, принял решение сначала о перетаскивании галер через перешеек полуострова Гангут, а затем — о рискованном обходе со стороны моря неприятельского флота. Затем, командуя авангардом галерного флота, царь в жестоком бою овладел эскадрой из десяти судов контр‑адмирала Эреншильда. 9 сентября он торжественно привел в Санкт‑Петербург взятые у Гангута суда, представил в присутствии Сената князю‑кесарю донесение о победе и за отличную службу был пожалован званием вице‑адмирала синего флага.

В 1715 году Петр командовал авангардом флота, ходившего до Ревеля. В 1716 году царственный вице‑адмирал, прибыв в столицу Дании, поднял флаг на корабле «Ингерманланд» и руководил эскадрой судов, прибывших из Ревеля, Архангельска и из‑за границы. После соединения с союзными флотами — английским, датским и голландским, — прибывшими на Балтику для защиты мирного судоходства, он командовал соединенной эскадрой, заменив вице‑адмиральский флаг на «Ингерманланде» штандартом, под которым флот девять дней крейсировал по Балтийскому морю. По этому случаю была выбита медаль с надписью «владычествует четырьмя». Однако добиться более активных действий союзников против шведов не удалось.

В 1718 году вице‑адмирал командовал авангардом флота Апраксина в плавании по Финскому заливу, а в 1719 году — и всем Балтийским флотом, ходившим до Аландских островов. Все это время Петр усердно трудился над составлением морского устава, просиживая иногда за работой четырнадцать часов в сутки. Водил эскадру в море он и в 1721 году. 7 сентября по случаю заключения мира со Швецией Петр заслуженно принял предложенный ему от генерал‑адмирала чин адмирала от красного флага.

В 1722 году в Персидском походе и во время перехода Каспийским морем из Астрахани к Аграхани Петр I командовал передовым отрядом флотилии, который шел под кайзер‑флагом Ф.М. Апраксина. В 1723 году, с флагом на корабле «Екатерина», он командовал авангардом Балтийского флота, в Рогервике произвел торжественную закладку гавани. 7 октября на острове Котлине Петр заложил крепость, назвав ее Кронштадтом.

В ноябре 1724 года, спасая близ Лахты людей со ставшего на мель бота, император сильно простудился. Болезнь оказалась смертельной. Скончался первый российский император и один из первых адмиралов 28 января 1725 года в Санкт‑Петербурге. Похоронен он в Петропавловском соборе Петропавловской крепости.

Понятно, что без труда многих и многих специалистов создать флот, способный побеждать исконных мореходов‑шведов, было бы невозможно. Но столь же очевидно, что без энтузиазма молодого Петра Великого, полюбившего морское дело, а затем понявшего его важность для государства и заставившего приближенных также стать энтузиастами, свершить это великое дело в столь краткие для истории сроки не удалось бы.