Лишившись надежды на союзников‑англичан и способности к сопротивлению, под ударами русских десантов, разрушавших порты и заводы, теряя десятки судов, которые захватывали каперы, шведы пошли на переговоры и 30 августа 1721 года подписали Ништадтский мир, утвердивший Россию на берегах Балтики. Так как Ф.М. Апраксин заслужил уже все возможные награды, за огромные заслуги царь присвоил ему кайзер‑флаг высшего морского должностного лица. Флотоводец впервые поднял этот флаг в 1722 году, когда командовал Каспийской флотилией в Персидском походе. Стареющему моряку не раз приходилось попадать в шторм. По возвращении с юга генерал‑адмирал оставался во главе флота и часто выводил его в море для учений и демонстраций. После смерти Петра Великого он старался сохранить морскую силу России. Апраксин был близок к императрице и ее любимцу А.Д. Меншикову, получил орден Святого Александра Невского, а в 1726 году стал членом Верховного тайного совета, к которому перешла реальная власть в России. Придворные интриги мало занимали его. Ему вполне хватало дел на флоте. Когда из‑за неосторожных шагов правительства возникла опасность войны с Англией, генерал‑адмирал вел переговоры с командующим английским флотом, стоявшим у Ревеля, и готовил корабли. Его гибкая, но твердая позиция помогла избежать столкновения России с европейской коалицией.

Апраксин, последний из тех, кто начинал с Петром Великим создание российского флота, умер 10 ноября 1728 года. Похоронили генерал‑адмирала в московском Златоустовском монастыре, где покоились его предки. Апраксин в свое время одаривал монастырь, в том числе трофеями, взятыми в Финляндии. До наших дней могила не сохранилась: в 1930‑х годах храм разрушили, на его месте воздвигли жилые и административные здания. Ни памятник, ни табличка не напоминают о месте последнего упокоения одного из создателей российского флота, победителя на суше и на море, единственного, кто в полной мере оправдал звание генерал‑адмирала.