В 1674 году Франция осталась без союзников против Голландии, заключившей союз с Испанией. В это время в Мессине вспыхнуло восстание против испанского владычества, и Людовик XIV, искавший союзников, решил поддержать Мессину. В январе 1675 года эскадра выступила на Средиземное море. Командование эскадрой поручили маршалу Вивонну, но на самом деле командовал Дюкен. 11 февраля произошла встреча 8 французских кораблей с 20 кораблями и 17 галерами испанцев. Дюкен решительно отражал натиск, пока из Мессины не подошла эскадра Вальбеля. Тогда генерал‑лейтенант перешел в атаку и заставил испанцев отступить. В августе того же года Дюкен взял Агосту на Сицилии, а затем с большей частью флота отправился в Тулон, чтобы усилить эскадру и доставить в Мессину продовольствие и подкрепления. В это время на Средиземном море появился адмирал Рюйтер, чтобы совместно с испанцами действовать против Франции. Голландская эскадра крейсировала в виду вулкана Стромболи, у Липарских островов. Рюйтер заявлял: «Я жду здесь храброго Дюкена».

7 января 1676 года голландцы, у которых было 19 кораблей, в том числе один испанский, и 4 брандера, увидели 20 линейных кораблей и 6 брандеров Дюкена. Первый день прошел в маневрировании, причем голландцы были на ветре. Рюйтер отказался от атаки, держался вне дальности действия орудий. Однако после ночной бури испанские галеры, сопровождавшие Рюйтера, укрылись у Липарских островов. 8 января Дюкен, воспользовавшись попутным ветром, послал конвой вперед и решил напасть. Рюйтер, располагавшийся между французами и их портом, ожидал атаки.

Сражение при Стромболи начал Дюкен, линия судов которого под некоторым углом спустилась на неприятельскую. Вступая в бой один за другим, корабли последовательно подвергались обстрелу противника. Французский авангард врезался в середину голландского. При этом сильно пострадали два французских головных корабля, а слишком тесно построенные корабли авангарда мешали друг другу вести огонь. Дюкен справился с беспорядком и вступил в сражение с голландским флотом, все корабли которого упорно сражались. Когда голландский арьергард отстал, французы пробовали его окружить, но безуспешно, скорее всего из‑за повреждений в рангоуте. Французские корабли не смогли помешать и 3 испанским галерам, которые увели на буксире поврежденные голландские корабли. Мэхэн, считая Дюкена лучшим французским флотоводцем того времени, отметил общие недостатки тактики. Как и другие французские флагманы, Дюкен показывал хорошую военную и слабую морскую подготовку. Он не воспользовался тем, что в Мессине стояли еще восемь кораблей, и присоединил их только после сражения. Рюйтер после сражения отплыл в Палермо, по пути один из его кораблей затонул.

Вторая встреча эскадр произошла у Агосты. Дюкен имел 33 корабля и 8 брандеров, союзники — 29 кораблей, 10 галер и 4 брандера. Дюкен шел в кордебаталии. Рюйтер в авангарде первым начал сражение, обрушившись на французский авангард д'Альмейраса. Французы стойко выдерживали натиск; только смерть начальника авангарда внесла смятение. Однако вскоре Дюкен подошел к авангарду, и вновь началась перестрелка флагманских кораблей. Рана, которую получил Рюйтер, побудила союзный флот укрыться в бухте Палермо. Через неделю Рюйтер умер. 2 июня Дюкен атаковал при Палермо и сжег после боя 12 голландских и испанских кораблей. Этой победой французский флот надолго обеспечил господство на Средиземном море. Голландское соединение, посланное на Средиземное море, встретили французы, и ему пришлось укрыться в Гибралтаре.

В 1676 году Дюкен истребил близ берегов Сицилии почти весь испано‑голландский флот. Однако, несмотря на успехи флотоводца, как только английский король в 1678 году выступил против Франции, Людовик XIV ушел из Сицилии, нужной ему лишь для демонстрации. Воевать на море против двух морских держав (Англии и Голландии) Франция не могла.

Людовик XIV не прощал Дюкену его протестантскую веру и указывал моряку, что вера — единственная причина, почему он не получил чин вице‑адмирала и маршала Франции. Дюкен отвечал: «Ваше величество, я — протестант, но заслуги мои перед Францией — истинно католические».

В 1681—1683 годах Дюкен совершил поход против Триполи и Алжира и прекратил их морской разбой. При этом в 1682 и 1683 годах моряк первым применил для обстрела Алжира незадолго до того изобретенные Пти‑Рено бомбардирские галиоты (мортирные лодки). Сразу поняв их важное значение, Дюкен, несмотря на первые неудачные опыты и недоверие к новинке, настоял на введении их во флот. Бомбардировкой 1783 года Алжир был почти полностью разрушен. Дюкен освободил несколько сотен французов‑рабов. В 1684 году он обстрелял Геную и заставил ее просить о мире.

После отмены Нантского эдикта в 1785 году всех протестантов, включая сыновей Дюкена, изгнали из Франции. Дюкену единственному разрешили остаться, однако он долго не мог выдержать разлуку с близкими и умер в 1688 году. Как протестанту, Дюкену было отказано в почетном погребении. Сыну даже не позволили взять тело отца для похорон в Швейцарии. Возмущенный сын над пустой гробницей поместил надпись в стихах: «Эта могила ожидает останков Дюкена. Имя его известно на всех морях. Прохожий, ты спросишь, почему голландцы воздвигли памятник Рюйтеру, а французы отказали в погребении победителю Рюйтера… Боязнь и уважение к монарху, власть которого распространяется далеко, запрещает мне отвечать».

Только в XIX веке Дюкену поставили памятник в Дьеппе, а имя его навсегда присвоено одному из судов французского военного флота.