Союзные войска оттеснили захватчиков в район у юго‑восточного побережья. Но корейская бюрократия, опиравшаяся на королевских фаворитов, связывала активные действия армии. Наступление сухопутных войск по решению чиновников было задержано. Три с лишним года длились переговоры с японцами, удерживавшими юг страны.

Популярность Ли Сун Сина в народе встревожила окружение короля. Враги оклеветали адмирала. Ли Сун Сина во второй месяц 1597 года из‑за придворных интриг сместили с поста. Во главе флота поставили адмирала Вон Гюна, который вскоре развалил морские силы. «Черепаховые корабли» забросили, люди разбегались. Когда японцы в марте 1597 года вновь высадились в Корее, они располагали сильным флотом и нанесли поражение Вон Гюну в первом же сражении у острова Кочжедо. Разгромив корейский флот, японцы смогли успешно наступать и вскоре подошли к Сеулу.

Вновь двору пришлось прибегнуть к помощи Ли Сун Сина. Королевский указ восстановил флотоводца в должности командующего флотом трех провинций. Собрав уцелевшие корабли, моряк с 12 небольшими судами нанес поражение противнику в проливе Мен, использовав военную хитрость. Ли Сун Син поставил свой отряд у острова Чин. Здесь, в проливе Мен, существовало хорошо известное флотоводцу коварное течение с водоворотами из‑за резкой разницы высот прилива и отлива и множества островов. Как и ранее, японский флот взаимодействовал с армией. 330 судов обогнули южное побережье и в 16‑й день 9‑го месяца 1597 года приблизились к проливу Мен. Посланные в погоню за несколькими корейскими кораблями японские суда попали в горловине у скалы Ульдор в сильное течение и потеряли управление. Корейские корабли атаковали противника и одно за другим потопили 51 судно с 4000 человек, не потеряв ни одного корабля. Японцам пришлось отступить, и больше они не пытались подходить к восточному побережью.

Ли Сун Син, основав базу на одном из островов, восстанавливал флот. Строили суда, набирали моряков. На суше помогли оттеснить японцев, которые за год понесли большие потери, вновь прибывшие на помощь китайские войска. Японцам пришлось покинуть юго‑восточную оконечность Корейского полуострова. Однако десятки тысяч войск Кониси оставались в его юго‑западной части, где их блокировал флот Ли Сун Сина.

К ноябрю 1598 года японцы стянули до 500 судов в район Норянчжина. 19 ноября Ли Сун Син, чтобы отрезать пути отступления противнику, направился к проливу Норян. Корейско‑китайский флот начал сражение по уничтожению захватчиков. Ли Сун Син решительно атаковал противника. В сражении, длившемся до заката, было уничтожено около 200 судов и более 10000 врагов. В этом бою флотоводец погиб на палубе своего корабля от случайной пули. В его честь по всей Корее были построены храмы и памятники.

Имя Ли Сун Сина чтят в Корее и по сей день. В июле 1950 года Президиум Верховного народного собрания Корейской Народно‑Демократической республики учредил орден Ли Сун Сина двух степеней для награждения выдающихся офицеров военно‑морского флота КНДР за боевые заслуги и подвиги.