Император Карл, восхищенный успехом, присвоил Андреа титул князя Мелфи. С этого времени испанскому правительству не следовало предпринимать в Италии важных военных действий без консультаций с адмиралом. Испанский флот в море должен был подчиняться Дориа.

Султан в следующем году послал эскадру из 60 галер и 30 меньших судов под командованием Люфти Пасция с требованием освободить Корон к середине лета. Император Карл и папа направили Андреа продолжить движение на восток, в то же время поддерживая и усиливая Корон. Андреа вышел из Неаполя с 59 галерами, 2 галеонами и 30 вспомогательными судами. 2 августа турецкий флот был обнаружен у юго‑западной оконечности Пелопоннеса. Дориа развернул свои вспомогательные суда с большими галеонами в одну линию, а главные силы — галеры под своим командованием — в другую. Люфти вместо атаки ходил вдоль берега, стреляя по вспомогательным судам и галеонам с большого расстояния. Турки не преуспели в абордаже галеонов, а когда Андреа выдвинулся вперед с главными силами, турецкий адмирал не принял боя и отступил. Корон был снова обеспечен.

Поняв важность флота, султан пригласил Барбароссу, который принял командование турецким флотом в 1534 году и обещал разбить Дориа. В течение года он увеличил флот султана до 84 галер с соответствующими вспомогательными силами, следующей весной предпринял опустошительную крейсерскую экспедицию вдоль всего южного и северного побережья Италии, против Корсики и Сардинии, после чего вернулся в Тунис.

Следующей весной под командование Андреа Дориа были собраны 290 судов с войсками — участвовал и сам император. Этот флот блокировал Тунис. Но хитрый Барбаросса бежал через пустыню в Бона, где спрятал лучшие галеры. Он продолжил набеги и через 10 месяцев совершил жестокий налет на Порт‑Магон (остров Менорка), который он разрушил, уведя в рабство 5500 человек. Таким образом, решительная победа Андреа в Тунисе становилась бессмысленной.

Через три года Барбаросса покинул Золотой Рог у Константинополя во главе грозного флота из 122 военных галер и судов снабжения. Он занял позицию в заливе Арта севернее Пелопоннеса (Греция). Гигантский флот из испанских, венецианских, генуэзских и папских сил в количестве 195 судов возглавил Андреа Дориа. Однако решающего сражения не произошло. Противники маневрировали, ограничиваясь стычками галер. Турки безуспешно пытались атаковать высокобортные галеоны. К вечеру второго дня по причине неопределенности положения генуэзский флотоводец собрал свои силы и, к огромному разочарованию венецианцев, пошел в Мессину. Есть разные мнения о политических и военных причинах этого шага. Отступление Андреа позволило Турции в последующее десятилетие занять венецианские владения в Адриатике.

Через три года император поручил Дориа вести большую десантную экспедицию против Алжира, главного оплота пиратов, которых Карл надеялся уничтожить сразу и навсегда. Однако вопреки мнению адмирала, войска были высажены осенью. В результате штормов флот и десант понесли большие потери.

Через пару лет Барбаросса, выступавший перед тем в качестве союзника Франции, зашел с мирным визитом в Геную и позволил Андреа вновь обрести популярность, которую тот быстро терял. Жестом дружбы Дориа позволил Барбароссе выкупить его помощника Драгута, который служил гребцом на флагманской галере адмирала. Позднее пришлось пожалеть об освобождении Драгута, который сменил Барбароссу, умершего через год в Константинополе. Уже в 1550 году Андреа ходил к пиратскому оплоту Джерба, откуда Драгут осуществлял свои набеги. В то время как старый адмирал осаждал входные укрепления, у вождя пиратов созрел план бегства. Он построил комбинацию неглубокого канала и переволок на катках через непроходимую в прилив равнину на конце острова, противолежащем выходу, и успел уйти в море ранее, чем его бегство обнаружили.

В 1553 году с помощью турецкого флота Франция отняла Корсику у Генуи, находившейся в зависимости от испанских Габсбургов. Позднее, когда Дориа было около 85 лет, он успешно руководил освобождением Корсики. За три года в Генуе против старого флотоводца были организованы три заговора. В течение последующих лет он ухитрился помешать попыткам Испании поставить гарнизон в Генуе. Старый адмирал, пяти дней не доживший до 94 лет, умер 25 ноября 1560 года, узнав о поражении христианского флота. Следующее десятилетие вплоть до сражения при Лепанто, христиане не предпринимали серьезных попыток бороться за господство на Средиземном море.