В Риме опасались, что победоносное войско посадит Помпея на престол. Однако полководец, прибыв в Италию, распустил легионы до триумфа. Узнав об этом, Помпея Великого восторженно встретили жители города. Его третий триумф длился два дня. Плутарх отмечал, что Помпей трижды праздновал триумф за победу над каждою частью света: первый — над Африкой, второй — над Европой, третий — над Азией. Были организованы новые провинции (Вифиния и Понт, Сирия).

Цезарю стать консулом помог Помпей и поддержал его законопроект об основании колоний и раздаче земли не только словом, но и силой. Однако Клодий, в свое время избранный при поддержке Помпея народным трибуном, теперь стал его противником и демагогией понижал авторитет полководца. Он изгнал из Рима Цицерона, пытался отменить распоряжения Помпея. Лишь после того как удалось вернуть Цицерона, пользовавшегося расположением сената, восстановилось положение Помпея, которому по хлебному закону были подчинены гавани, торговые центры, продажа зерна и его перевозка. Поставленный во главе снабжения хлебом, Помпей разослал своих легатов по провинциям, собрал большое количество хлеба в Сицилии, Сардинии и Африке. Когда он намеревался выйти в море с судами, груженными продовольствием, поднялась буря. Кормчие не решались выступить. Помпей первым поднялся на борт судна, заявив: «Мне нужно плыть, а жить вовсе не необходимо!» Вскоре нехватка хлеба в Риме была ликвидирована, а по морю шли суда с продовольствием, которые помогли обеспечить даже союзников.

После отказа сената утвердить мероприятия Помпея на востоке и наделить землей его солдат, полководец соединился с Крассом и Цезарем в первый триумвират 60‑го года. Триумвиры распределили сферы влияния. Помпею достались Африка и Испания. Но после смерти Красса в 53 году триумвират распался. Помпея в 52 году избрали «консулом без коллеги». Предложение внес Катон, который считал, что лучше дать Помпею на период раздоров в Риме определенное назначение, чем ждать, когда он возьмет власть сам и установит диктатуру.

В 50 году полководцу поручили командование войском в борьбе против Цезаря. Когда последний перешел Рубикон, Помпей не располагал достаточными силами и был вынужден оставить Рим. В Брундизии он приготовил достаточное число кораблей. Устроив заграждения, чтобы задержать наступающие войска Цезаря, и разместив на стенах наиболее подвижных легионеров, полководец за три дня погрузил войска. По сигналу его солдаты срочно оставили стены и поспешили на суда, которые сразу же вышли в море. Цезарь за два месяца овладел всей Италией, но, не располагая кораблями, был вынужден отказаться от преследования Помпея.

Помпей не терял времени даром. Он собрал крупнейший флот из 500 боевых и многочисленных вспомогательных судов, усиленно обучал войска и сам, несмотря на возраст, демонстрировал завидную способность владеть оружием. Несколько раз Цезарь вступал с ним в бои на суше и море, один раз понес большое поражение, но все же смог разгромить Помпея при Фарсале в 48 году до н.э.

Вступление в сражение вдали от берега явилось роковой ошибкой Помпея, ибо он господствовал на море и мог легко блокировать связи Цезаря с Италией. Теперь же ему пришлось бежать с небольшой группой приближенных, воспользовавшись случайным торговым кораблем. Он сразу же начал собирать морские силы. Желая создать себе убежище, полководец отправился в Египет, но был убит. Так недооценка морского флота привела полководца к гибели.