Вскоре Лисандр сообщил в Спарту, что с двумя сотнями кораблей идет на Афины. Под стенами города уже стояла большая пелопоннесская армия. Осажденный с моря и суши город страдал от голода. Афиняне направили посла к спартанскому царю Агису с предложением подчиниться Спарте, если сохранятся Длинные стены, окружающие Афины и Пирей. Но спартанцы не согласились и продолжали осаду. Наконец афиняне пошли на переговоры без условий. В 404 году город капитулировал. Союзники спартанцев предлагали разрушить Афины и жителей их продать в рабство. Однако спартанцы предпочли оставить город в качестве противовеса Коринфу и некоторым другим городам. Афины теряли свои прежние владения, кроме Аттики, Саламина и двух небольших островков; Афинский союз объявили распущенным, а Афины вошли в союз со Спартой. Лисандр взял все оставшиеся афинские суда, кроме 12 сторожевых, и вступил в город. Вскоре под звуки музыки спартанцы начали разрушение Длинных стен. Лисандр посадил в городе правительство Тридцати тиранов, которые истребляли сторонников демократии.

Доставив в Спарту многочисленную добычу, в том числе золотые и серебряные деньги, стратег возбудил среди части спартанцев страсть к наживе. Сам он богатств не скопил, все добытое отдавал на государственные нужды. За счет добычи он поставил в Дельфах изображения свое и всех навархов и золотые звезды Диоскуров. В сокровищницу царей попала и триера из золота и слоновой кости, которую Кир послал Лисандру в благодарность за победу.

С этого времени Лисандр, видя уважение к себе и даже преклонение, стал проявлять заносчивость и самонадеянность. Он был коварен и жесток с побежденными. В конце концов, после жалобы перса Фарнабаза на грабежи войск Лисандра в его владениях полководца вызвали в Спарту.

После встречи с эфорами Лисандр получил разрешение отправиться на поклонение храму Аммона. На самом деле он уходил из‑под власти Спарты. Встревоженные его отъездом цари, опасаясь, что Лисандр воспользуется созданными им по всей Греции тайными обществами, организовали контрперевороты, чтобы изгнать сторонников стратега. В первую очередь афиняне ликвидировали в 403 году Совет Тридцати. Вернувшийся Лисандр убедил лакедемонян в необходимости помочь олигархам. Он предпочитал действовать силой оружия.

Добившись того, что новым царем избрали Агесилая, Лисандр уговорил его идти воевать с варварами в Азии. Однако авторитет полководца оказался столь велик, что Агесилай оказался как бы в его тени. Царь оставил Лисандра без важных поручений. Единственным серьезным делом, которое удалось свершить Лисандру — договориться с противником Фарнабаза персом Спитридатом и привести его к Агесилаю. Но славы это ему не принесло.

Агесилай нанес поражение персидским войскам при Сардах. Однако персы наняли себе в помощь афинский флот и поддержали ряд городов, выступивших в 395 году против Пелопоннеса. Царю Спарты пришлось возвращаться на Родину по суше, ибо афинские корабли под командованием стратега Конона разбили спартанский флот, в котором не оказалось Лисандра, в битве при Книде у малоазиатского побережья. Без финансовой поддержки Персии спартанцы не смогли выстроить новый флот, а Конон привез деньги, которые пошли на восстановление Длинных стен. Так, оставив флот без талантливого флотоводца, Агесилай заложил основу будущих поражений Спарты от воссозданного Афинского морского союза.

Вернувшись в Спарту, Лисандр стал разрабатывать новую систему управления, при которой царская власть должна была передаваться представителям не только двух семей, но всем Гераклидам и даже, возможно, всем спартанцам, избираемым за доблесть. Он надеялся, что народ изберет именно его, и использовал для достижения цели подкуп и обман.

Еще до возвращения Агесилая Лисандр в ходе коринфской войны организовал поход против Фив, активных сторонников афинской демократии. Он погиб в бою под городом Галиартом (Алиартос) в 395 году до н.э. и был похоронен за границей Беотии, на земле союзного города Панопея. Там ему был поставлен памятник на дороге из Дельф в Херонею. Полководцу воздали посмертные почести, несмотря на то, что в его бедно украшенном доме нашли записи с планом изменения наследования власти.